Hola
Favor corregir lo que haga falta.
Base de datos de empleados
Empleado (Apellidos, Nombres, Direccion, Telefono, Departamento, fecha_nacimiento, fecha_contratacion, estatus, etc.)
Departamento (Nombre_Departamento, Notas, Etc.)
Notas (Empleado, Nota, fecha, etc.)
Esta estructura en caso que el empleado pueda pertenecer solo a un departamento. Se que tendras mas requerimientos en cuenta, asi que me gustaria saber cuales son para poder proveerte una mejor propuesta. Tambien me gustaria saber si lo quieres puro php, o con algun manejador de contenidos como Drupal